آزمایشگاه مرکزی شامل مجموعه ای از تجهیزات مهم جهت بررسی کیفی و کمی مواد است که با هدف ارائه خدمات پژوهشی به دانشجویان و اعضای هیات علمی دانشگاه تهران وسایر مراکز علمی، پژوهشی و صنعتی کشور تشکیل شده است. همچنین در نظر است که در طول سال کارگاه های مختلفی جهت آموزش تجهیزات برای دانش پژوهان برگزار شود. نحوه ارائه خدمات دستگاهی و نرخ تعرفه های آنها در وب سایت آزمایشگاه مرکزی توضیح داده شده است. آزمایشگاه مرکزی دستگاهی دانشگاه بو علی سینا در دومجموعه مستقر است:

1- آزمایشگاه مرکزی شماره 1. واقع در  جنب ساختمان سازمان مرکزی دانشگاه  طبقه  همکف دانشکده  علوم  پایه زیر سالن اجتماعات شهید چمران .

2- آزمایشگاه مرکزی شماره 2. واقع در دانشکده فنی مهندسی 

به علاوه بر اساس  آئین نامه مدیریت آزمایشگاه مرکزی ، دانشکده های دانشگاه بوعلی سینا  و یا اعضای هیات علمی دانشگاه بوعلی سینا

که در آزمایشگاه تحقیقاتی خود دستگاه هایی در اختیار دارند و علاقمند هستند که در چهارچوب  آئین نامه مذکور این دستگاهها را برای ارائه خدمات پژوهشی به سایر بخش ها به کار گیرند، میتوانند درخواست خود را به مدیریت آزمایشگاه مرکزی  دانشگاه بوعلی سینا ارائه کنند تا پس از بررسی نسبت به انعقاد قرارداد با آنها اقدام شود.